台特侦组在扁家与扁办查扣的大批机密文件，内容尚待检调厘清，唯分析扁持有这些文件的目的，一是斗争异己与政敌，二是自保。政坛近年多起内斗秘辛，或许能在查扣的文件中找到答案。

    据台湾《中国时报》报道，根据一位曾看过部分查扣文件的人士透露，这其中确有机密文件复印件，有的有骑缝章，也有浮水内码，但这些文件的第一页都未留存，所以看不到文头、公文字号与发文单位。

    依据特侦组25日查扣纸箱上所写文字，其中两箱，驻明为“国安局”02年、03年。相关人士分析，这两箱文件应与“国安”密帐中的巩案有关，也就是李登辉对外宣称曾在病房被扁“威胁”之事。此外，一向很少开记者会爆料的民进党“立委”高志鹏，最近为新瑞都案与“立委”邱毅扛上，两人隔空交火，高志鹏披露“调查局”笔录里的新瑞都案人头户银行账号、汇款进出资料等内容，分析其数据来源与扁办遭查扣的文件是“系出同门”。

    事实上，情治圈还有一件运用外泄公文进行政治斗争的悬案，即去年的民进党“大选”初选，周刊报道高雄“高分检”查黑中心检察官罗建勋，白纸黑字认定被告谢长廷在高捷案中贪污罪犯行明确。这件“高检”给“调查局”的公文，在敏感时机外泄，启人疑窦，谢长廷也一直质疑文件外泄来源与用意，但却始终查不出所以然，最后不了了之。

    由于扁办持有巩案、新瑞都案等相关文件，同样的泄密管道，自不排除这件民进党初选的悬案，亦与陈水扁有关，唯详情仍需视特侦组检视查扣文件内容，始能水落石出。

    衡情论理，扁在2000年初执政，在毫无经验情况下，发生“国安”密帐案，扁当局下令撤查弊端，并掌握情治单位的报告，只要案情依法侦办，文件依例归档，并无问题。关键在于陈水扁将案情的情资当做政治工具，要威胁李登辉主导的“台联党”配合民进党。

    因此，无论遭查扣的巩案文件是正本或复印件，陈水扁在法律上与政治上，均无可宽宥。

    倘若查扣的文件中，还包括“调查局”侦办台开内线交易案、SOGO礼券案、陈哲男收贿案等近二十件重大弊案的拟办报告表、执行计划，只能说，扁一直把情治单位的文件情资视为政治工具，做为打击异己和保护亲信的工具，过去八年，实在是情治单位的黑暗时刻。