在台湾，总统陈水扁预定在八月二十号出访中美洲，计划过境美国，但传媒报道， 因为陈水扁推动以台湾名义加入联合国公民投票， 因此美国只淮陈水扁在美国本土以外的地点过境，而且不可以过夜.

曾经担任过外交部长的国民党立委蒋孝严在星期四指出，陈水扁是作茧自缚，自取其辱， 不过外交部发言人王建业强调，加入联合国与陈水扁出访的过境地点是两回事，没有相关， 一切都还在接洽中。

至于陈水扁致函中国常驻联合国代表王光亚，表达以台湾名义申请加入联合国， 但遭到王光亚退函，外交部表示这样的动作在预料之中， 而陆委会则代表政府部门提出严正抗议，副主委刘德动指出， 中国不愿承认台湾主权独立与两岸互不隶属的事实，是两岸关系最根本的障碍。

王光亚在处理台湾入会案上，违反联合国宪章与程序，让国际社会看清中国的霸权本质。 陆委会呼吁国际社会重视台湾人民遭遇的不合理对待，谴责中国对台湾的霸道作为， 也呼吁中国正确理解台湾主流民意对参与国际组织、争取基本人权的决心与努力。